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Meist handelt es sich um eine Säuregruppe und eine Base. Z.B. Aminosäuren liegen sowohl in wässeriger Lösung als auch in der festen Phase als Zwitterionen vor. Die Säure-Gruppe gibt ein Wasserstoffion ab, und trägt dann eine negative Ladung, die Amino-Gruppe nimmt ein Wasserstoffion auf und trägt dann eine positive Ladung.
Bei einem bestimmten pH-Wert, dem so genannten isoelektrischen Punkt (IEP) , sind bei Aminosäuren exakt gleich viele Säuregruppen negativ geladen, wie Aminogruppen positiv geladen sind. Am isoelektrischen Punkt wandern Aminosäuren im elektrischen Feld nicht mehr, da die Summenladung neutral ist. Liegt der pH darunter, nimmt die Dissoziation der Säuregruppe ab, und die Aminosäure trägt eine positive Summenladung. Liegt der pH darüber, nimmt die Dissoziation der Säure zu und die Aminogruppe gibt das Wasserstoffion ab, das Molekül trägt eine negative Summenladung. Diesen Effekt nutzt man bei der Elektrophorese.
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