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Scheele arbeitete als Apotheker in Stockholm, von 1770 bis 1775 in Uppsala, danach in Köping. Seine Studien führten im Zeitraum von 1772 bis 1773 zur Entdeckung von Sauerstoff und Stickstoff, die Ergebnisse publizierte er aber erst 1777 in seinem einzigem Buch „Chemische Abhandlung von der Luft und dem Feuer“, wodurch er etwas von dem Ruhm an Joseph Priestley verlor, der unabhängig von ihm den Sauerstoff 1774 entdeckte.
Scheele entdeckte außerdem die Elemente Chlor (1774), Mangan (1774), Molybdän (1778), Wolfram (1781) und Barium. Daneben charakterisierte er Verbindungen wie Glyzerin, Chlorwasserstoff, Zitronensäure, Schwefelwasserstoff und Fluorwasserstoff. Außerdem entwickelte er einen Konservierungsprozess, welcher der Pasteurisierung ähnelte.
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